Programa de Pós-Graduação em Engenharia de Processos Químicos e Bioquímicos (EPQB) - O EPQB tem como objetivo a formação de profissionais de alta qualificação, em nível de mestrado e de doutorado, habilitados a realizar pesquisas que contribuam para o desenvolvimento, aperfeiçoamento e avaliação sistemática de processos e produtos. A natureza multidisciplinar destas atividades se reflete na diversidade de áreas existentes no Programa, englobando pesquisas de natureza experimental, teórica e computacional. Além do mestrado e do doutorado acadêmicos, o EPQB também oferta o curso de Mestrado Profissional em Engenharia de Biocombustíveis e Petroquímica.
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Programa de Pós-Graduação em Engenharia Ambiental (PEA) - No PEA é oferecido o Mestrado Profissional em Engenharia Ambiental com objetivo principal de "capacitar recursos humanos em Engenharia Ambiental e desenvolver as aptidões necessárias para a elaboração de novas técnicas e processos de gestão de sistemas ambientais, dando ênfase ao aprofundamento da formação científica e tecnológica, para que possam participar da construção do saber e garantir o desenvolvimento sustentável do País, através de projetos de pesquisa relevantes.
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